背景
2006年12月，某省政府研究考虑扩建省会机场，报请上级主管机关审批；并请某机场规划设计院进行规划设计。该机场规划设计院经研究后认定，机场的扩建将导致机场净空保护区扩大，并明确提出：
(1)附近山坡上的A磨料厂(私人企业)位于机场净空保护区域内，且烟囱超高；同时，生产时产生的电弧光影响飞机的夜航，必须搬迁；
(2)附近山坡上村民甲栽种的桉树(200棵，树龄为5年)位于机场净空保护区域内且超高，应砍伐；
(3)附近有一古塔位于机场净空保护区域外，但靠近保护区域边缘，且在主航道之下，应予以考虑。
A磨料厂的厂长通过内部得知这一消息。此时，A磨料厂的产品销路不好，造成库房积压，已处于停产状态。在得知这一消息后，他立即向政府表示，为了机场扩建，为了飞机起降安全，磨料厂愿意搬迁并自行宣布停产；同时，向政府提出要求补偿迁厂和停产的损失，几经交涉，未果。
在接到上级主管机关批准后，省政府研究决定立即扩建机场。2009年9月1日，省会所在地市政府在当地主要报纸上刊登了公告，并在拟新建、扩建机场周围地区张贴了公告。此时，A磨料厂的产品销路转好，厂长决定重新开工并扩大生产。2009年9月3日，在紧邻原厂房处开始修建简易厂房。同年10月1日，新厂房建好并投产。新厂房更靠近机场方向。新厂房烟囱与原来的烟囱等高。
2009年8月25日，村民甲砍伐50棵最高的桉树，并于发布公告的第二天在砍伐后的空地上重栽新购的香樟树苗100棵。
2009年底，A磨料厂搬迁完毕，附近山坡上村民甲栽种的树木被砍伐。村民甲提出应补偿他的土地以及150棵桉树加上100棵香樟树苗的损失。
A磨料厂长提出以下要求：
1)全额补偿公告张贴之前自行宣布停产的损失(标准按设备的规模)；
2)按新厂建好投产后的生产规模全额补偿自行宣布停产至实际搬迁时间的损失；
3)全额补偿磨料厂厂房的搬迁损失。
按《中华人民共和国民用航空法》(中华人民共和国主席令第56号)规定，机场扩建指挥部对此予以补偿。对古塔也做了适当的处置。
问题
(1)依《中华人民共和国民用航空法》(中华人民共和国主席令第56号)规定，机场扩建指挥部应补偿村民甲哪些损失?
(2)依《中华人民共和国民用航空法》(中华人民共和国主席令第56号)规定，机场扩建指挥部应补偿村A磨料厂哪些损失?
(3)依《中华人民共和国民用航空法》(中华人民共和国主席令第56号)规定，对于古塔做如何处理?